Il aurait aussi existé un légendaire Monastère Shaolin du Sud (南少林寺), situé dans le Sud de la Chine et détruit sous la dynastie Qing. L'historicité de son existence, son affiliation prétendue avec Shaolin, et sa localisation exacte sont sujets de controverses.
« Sans doute, le temple des monts Shaoshi ne fut-il pas le seul dans ce cas, des dizaines de monastères arguèrent du droit d'asile pour accueillir des loyalistes Ming qui avaient leur sympathie. Ils ne furent pas aussi actifs que le Shaolin, mais le fait de trouver mention d'une demi-douzaine de Shaolin à des endroits très différents du pays ne nous incite-t-il pas à supposer qu'en raison des circonstances d'autres monastères suivirent soudain la même vocation guerrière que leur modèle du Henan ? »— Habersetzer
Ces temples auraient été détruits sous la Dynastie Qing, plus favorable au bouddhisme tibétain qu'au bouddhisme chan pratiqué dans ces temples. À ce monastère (ou ces monastères) sont associées l'évolution et la pratique d'un style martial, le nanshaolin quan, qui serait à l'origine de nombreux arts martiaux du Sud de la Chine.
Depuis une dizaine d'années, les découvertes de ruines d'anciens temples bouddhistes détruits ont suggéré plusieurs localisations possibles de ce temple, des baignoires retrouvées dans le Fujian ressemblent à des descriptions d'écrits anciens, de baignoires que l'on remplissait de mélanges médicinaux pour soigner les moines ont été retrouvées dans le Fujian, laissant penser que le monastère s'y trouvait. Les autorités locales et nationales ont alors désigné ces lieux comme des monastères Shaolin du Sud, et comme dans l'ensemble de la Chine, ont œuvré avec les pratiquant bouddhistes à leur restauration ou à la construction de répliques, ainsi qu'à un renouveau des pratiques du bouddhisme et du Kung-fu Shaolin dans cette région. Cela a permis en même temps de développer l'économie touristique religieuse ou séculaire de la région. On peut énumérer :
le temple Linquanyuan près de Putian (Fujian), construit en 757, redécouvert en 1986 ;
le temple de Fuqing (Fujian) ;
le temple Longshan au pied du Qingyuan shan près de Quanzhou (Fujian), construit en 756 ;
le monastère des Panshan, dans le Jixian (Hebei) ;
le monastère de Chengdu (Sichuan).
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